Как базовый класс, ниндзя впервые появился в «Oriental Adventures» (1985) для первой редакции AD&D. Затем этому классу был посвящён комплит в AD&D 2 — «The Complete Ninja’s Handbook» (1995). В третьей редакции Dungeons & Dragons ниндзя появился в «Complete Adventurer». В последующих редакциях интерес к ниндзя снизился: в четвёртой он появлялся в № 404 журнала «Dragon» как билд ассасина, а в пятой окончательно слился с монахом.
D&D 3.5[]
В D&D 3.5 ниндзя представляет собой класс, сочетающий черты вора и монаха: от первого пришёл «внезапный удар» (sudden strike), представляющий собой несколько ослабленную версию подлого удара (sneak attack) вора — ниндзя наносит существенно увеличенный урон по захваченному врасплох врагу, но не может делать это, когда враг отвлечён (как может вор); от второго — бонусы к защите без доспехов. С ростом в уровне ниндзя получает растущие бонусы к акробатике, способность совершать длинные прыжки с места, карабкаться по гладким поверхностям и прочие достаточно тематические, но местами не особо применимые для типового приключенца а не шпиона-диверсанта способности. Ниндзя, как и наёмный убийца, получает способность безопасно работать с ядами, хотя и не на первом уровне. Уникальная особенность класса — запас ki (ki pool; позже эта механика была скопирована некоторыми другими классами), который может тратиться на активацию сверхъестественных способностей, список которых растёт с уровнем: краткосрочную невидимость (превращающуюся со временем в полноценный уход в Эфир, то есть дающую возможность проходить сквозь стены), размытость облика, дающую повышенный шанс уклонения, способность видеть и поражать призрачных существ, невидимость для поисковых заклинаний.
D&D 5[]
В D&D 5 один из трёх вариантов монаха (Путь тени — Way of the Shadow) тематически представляет собой ниндзя: его способности связаны с темнотой, ограниченными магическими способностями и внезапными атаками.